Toda escuela tiene sus reglas y, por supuesto, muchos estudiantes suelen estar en contra de ellas, haciendo todo lo posible por romperlas y demostrar su independencia. Pero en Youkai Gakuen la situación es un "poco" diferente, partiendo del hecho de que todos sus alumnos, con férrea disciplina, respetan la "regla de oro":
"Si un humano es descubierto dentro del colegio, debe ser ejecutado".
Algo natural considerando que todos en Youkai Gakuen, bajo su apariencia humana, son horrendos monstruos y entes demoníacos, aunque para Aono Tsukune resultaría imposible hacer valer el reglamento porque, bueno... él es un humano.
Patético estudiante y típico adolescente, Aono-kun es inscrito por accidente en Youkai Gakuen, en donde pronto se ve obligado a luchar (y estudiar) por su vida, ocultando a compañeros y maestros su pequeño "secreto". Sin embargo, este aterrado joven encuentra una aliada en Moka Akashiya, una hermosa y dulce jovencita misteriosamente atraída por Aono-kun o, mejor dicho... atraída por el cuello de Aono-kun.